Com o objetivo de possibilitar o constante aperfeiçoamento técnico e científico de profissionais e pesquisadores da região, o IFSertãoPE oferece os seguintes cursos de pós-graduação:

 - Lato Sensu (especialização)

• DocentEPT
• Interculturalidade e Decolonialidade na Educação Escolar Indígena e Quilombola
• Ensino de Ciências da Natureza e Matemática
• Gestão Escolar
• Manejo de solo e água
• Metodologias do Ensino de Línguas
• Pós-Colheita de Produtos Hortifrutícolas
• Recursos Hídricos para o Semiárido
• Tecnologia Ambiental e Sustentabilidade nos Territórios Semiáridos
• Tecnologias de Produção de Derivados de Frutas e Hortaliças
• Tecnologias Digitais Aplicadas à Educação

- Stricto Sensu (mestrado)

• Mestrado Profissional em Educação Profissional e Tecnológica em Rede Nacional (ProfEPT)
• Mestrado Profissional em Filsosofia

O IFSertãoPE também oferece apoio para servidores que desejam realizar pós-graduação Stricto Sensu em outras instituições de ensino, seja em nível de mestrado (acadêmico ou profissional), doutorado ou pós-doutorado. Anualmente, são lançados editais específicos para a concessão de bolsas aos servidores da instituição que estejam vinculados a programas de pós-graduação Stricto Sensu, além de outras iniciativas voltadas para esta finalidade.